Als president toonde Vladimir Poetin dat hij de technieken van de oude KGB nog goed onder de knie had. Het opmerkelijkste voorbeeld zijn wellicht de processen tegen Michail Chodorkovskij (°Moskou, 20/06/1963) en Platon Lebedev (°Moskou, 29/11/1956), de gewezen eigenaars van het oliebedrijf Yukos. Chodorkovskij had zich niet alleen laten opmerken door zijn kritiek op de corruptie in het Russische staatsbestel, maar ook door zijn inzet voor meer openheid met zijn beweging Открытая Россия (Otkrytaja Rossija) of Open Rusland, en zijn steun aan oppositiepartijen.
In 2003 werden Chodorkovskij en Lebedev gearresteerd op verdenking van belastingontduiking, fraude en verduistering. Yukos werd zo goed als ontmanteld, waarbij de meest winstgevende onderdelen te beurt vielen aan Rosneft, een oliebedrijf dat geleid wordt door Igor Setsjin (°Leningrad, 07/09/1960). Setsjin is een voormalig KGB-spion en één van de meest conservatieve adviseurs van Vladimir Poetin. Hij was vice-premier in het kabinet van Poetin en leider van het Комманда Силовиков (Kommanda Silovikov) of De Mannen van de Macht, een lobby van voormalige KGB-agenten - en dus vrienden van Poetin - in het Kremlin.
In een poging om de aandacht van het proces af te leiden, werd het gevoerd in de minder beduidende rechtbank van het Mesjtsjanskij district in Moskou. Achter de schermen speelden echter het Kremlin en het Moskouse Eerste Gerechtshof, de hoogste rechterlijke instantie van de stad Moskou, een sturende rol. Op 31 mei 2005 werden Chodorkovskij en Lebedev veroordeeld wegens belastingontduiking en fraude tot 9 jaar gevangenisstraf. Op 22 september 2005 werd in een zitting van slechts één dag het vonnis in hoger beroep bevestigd waarbij de opgelegde straf tot 8 jaar werd verlaagd.
Omdat Chodorkovskij en Lebedev dreigden voorwaardelijk vrij te komen nog vóór de presidentsverkiezingen van 2012, en dus mogelijk het heraantreden van Poetin als president konden verstoren, doken nieuwe “strafbare feiten” op, en werd een tweede proces tegen hen op touw gezet, waarbij ze onder meer beschuldigd werden van de diefstal van 350 miljoen ton olie. Naast het feit dat dit fysiek haast onmogelijk is, bleek ook dat rechter Viktor Danilkin (°1957) regelmatig tijdens de processen werd bijgestuurd door het Kremlin. Danilkin had moeite met de soms absurde beschuldigingen en moest dus regelmatig "bijgepraat" worden.
Natalja Vasiljeva, een assistente van rechter Danilkin, getuigde op 14 februari 2011 dat de rechter zijn vonnis had voorbereid om het voor te lezen op 16 december 2010. Op 15 december echter werd de uitspraak om onduidelijke redenen verdaagd naar 27 december. Op 16 december werd duidelijk waarom: Poetin hield die dag een geruchtmakende toespraak waarin hij zei dat Chodorkovskij een dief was en dus in de gevangenis thuishoorde. Vasiljeva getuigde dat het oorspronkelijke vonnis van Danilkin gewijzigd werd en dat de rechter het nieuwe vonnis tegen zijn wil had voorgelezen. Als gevolg van dat aangepaste vonnis konden Chodorkovskij en Lebedev niet vóór augustus 2014 vrijkomen.
In 2011 vroeg de toenmalige Russische president Dmitrij Medvedev aan de Kremlin Raad voor Mensenrechten om de zaak Chodorkovskij nader te onderzoeken. De Raad kwam tot de conclusie dat Chodorkovskij en Lebedev onschuldig waren. Het leidde niet tot een vrijlating, integendeel: de negen leden van de Raad werden beschuldigd van omkoping. Vijf van hen werden het voorwerp van ondervragingen en vervolgingen. Sommigen verloren hun baan of moesten naar het buitenland uitwijken. Bovendien werd een derde rechtzaak tegen Chodorkovskij en Lebedev voorbereid.
In de aanloop naar de Olympische Winterspelen van 2014 in Sotsji, een project waar Poetin wou schitteren voor het oog van de wereld, hadden heel wat wereldleiders aangekondigd dat ze niet aanwezig zouden zijn. Echte redenen werden niet opgegeven, maar het was duidelijk dat de wijze waarop de mensenrechten werden geschonden in Rusland aan de basis lag. Vooral de arrestatie van 30 Greenpeace activisten enkele maanden eerder, de zaak Chodorkovskij en de Russische anti-homowet waren een doorn in het oog. Op 17 december 2013 had de Amerikaanse president Barack Obama gezegd dat hij zelf niet zou komen. In de delegatie die hem zou vertegenwoordigen benoemde hij twee notoire homo's: tennislegende Billie Jean King en hockeyspeler Caitlin Cahow. Volgens de Amerikaans-Russische journaliste Masha Gessen doemde voor Poetin het spookbeeld op om zich bij de opening van zijn persoonlijk prestigeproject omringd te zien met "alleen de Oekraïense president en twee Amerikaanse homo's". Hoedanook, op 19 december 2013 kondigde Poetin onverwacht aan dat Michail Chodorkovskij gratie kon krijgen, wat de dag nadien ook meteen gebeurde: op 20 december 2013 landde Chodorkovskij als een vrij man in Berlijn. Volgens Poetin kan hij ongehinderd terug naar Rusland komen, maar of dat ooit zal gebeuren is twijfelachtig, want de onderzoeken in de mogelijke derde rechtzaak werden niet stopgezet.
Op 28 juli 2014 werd Rusland door het Permanent Hof van Arbitrage in Den Haag veroordeeld voor de wijze waarop Michail Chodorkovskij en Yukos werden behandeld. Naast het feit dat Rusland veroordeeld werd tot een zeer zware schadevergoeding van 50 miljard dollar, was het Hof ook zeer hard in zijn motivatie. De ontmanteling van Yukos was politiek gemotiveerd, met als doel het bedrijf het faillissement in te duwen, zijn activa aan te slaan en toe te wijzen aan staatsbedrijven en de CEO van het bedrijf, Michail Chodorovskij, politiek monddood te maken.
Het gaat om de grootste schadevergoeding ooit toegekend door het Hof in Den Haag: ze is 20 keer groter dan de op een na grootste en houdt niet eens rekening met klachten van minderheidsaandeelhouders van wie de dossiers nog moeten worden onderzocht.
De gevolgen voor Rusland zijn enorm: de som bedraagt 11 % van ‘s lands nationale valutareserves en 10 % van het overheidsbudget. Ook zullen er gevolgen zijn voor Rosneft, de energiereus die de meeste van Yukos’ activa in handen kreeg, en die sinds kort BP als minderheidsaandeelhouder heeft. De Russen moeten tegen 2 januari 2015 met geld over de brug komen, zoniet beginnen verwijlintresten te lopen. Hoewel Rusland het vonnis niet kan aanvechten zal het "alle middelen aanwenden om het ongedaan te maken". Betaalt het land niet dan kunnen volgens de conventie op arbitrage uit 1958 Russische activa in 150 landen worden aangeslagen om het vonnis uit te voeren.
In de entourage van Poetin maakt men zich allerminst zorgen. Eén van de mensen uit diens inner circle zei tegen de Financial Times dat het vonnis in het licht van de geopolitieke problemen met Oekraïne onbelangrijk was: "Er komt een oorlog in Europa. Denkt u nu echt dat dit van enig belang is?"
